Деякі дослідники припускають, що вареники існували ще за часів язичництва. Вважається, що трипільці споживали цю страву, яка символізувала місяць та родючість.
Офіційна історія вареників бере свій початок приблизно в XIII столітті, ймовірно, їх принесли на лезах своїх мечів татаро-монгольські завойовники. Вареники виготовляли з житнього, пшеничного, гречаного та ячмінного борошна.
Начинка вареників мала свої особливості в залежності від регіону: їх начиняли картоплею, сиром, капустою, овечою бринзою (у Карпатах), пшоняною кашею або товченою квасолею (Полісся), гречаною кашею з сиром (Волинь), вареною квасолею, іноді перетертую з калиною (Полтавщина). Вареники з вишнями та сиром були поширені по всій Україні.
З пісних начинок поширеною була урда («гурда», «вурда»), яку готували таким чином: трохи підсмажене конопляне (рідше лляне) насіння товкли та розтирали в макітрі, заливали окропом, розмішували, проціджували та ставили на вогонь. Жовтувату піну, що утворювалася під час кипіння, знімали і використовували як начинку.
Замість насіння часто використовували макуху (залишки після вичавлення олії з насіння). Для вареників «з піском» начинкою служило підсмажене на салі до золотавого кольору борошно.
Іноді вареники начиняли лише борошном, і такі вареники називалися "пирхуни". Траплялося, що цей вареник давали хлопцеві, який, з'ївши його, цілий рік називався "пирхуном".
Однак, однією з найнеординарніших начинок залишалася начинка з папороті.